Mark Webber được sinh ra trong một gia đình có cha mẹ thuộc tầng lớp trung lưu, đại lý xe máy và chủ trạm xăng Alan Webber và vợ là Diane, tại thị trấn Queanbeyan, New South Wales nằm ở Tablelands, trên bờ sông Queanbeyan, gần Canberra, vào ngày 27 tháng 8 năm 1976. Ông nội của anh là một người buôn bán củi. Webber có một chị gái tên là Leanne. Anh đã học tại Trường tiểu học Isabella Street và Trường trung học Karabar (KHS) gần đó. Webber đại diện cho KHS trong giải điền kinh và bóng bầu dục, đồng thời chơi bóng bầu dục, cricket và Australian football sau khi mẹ anh khuyến khích anh tham gia nhiều môn thể thao cùng một lúc[1]. Ở tuổi 13, anh là một cậu bé nhặt bóng cho đội bóng bầu dục Canberra Raiders trong một năm và kiếm được tiền khi giao bánh pizza ở khu vực Canberra và Queanbeyan trong những năm cuối cấp học. Webber cũng từng là thợ sửa ống nước và tiều phu.